Rendimiento de Folding@Home

Recientemente se ha estrenado en Folding@Home un nuevo cliente GPU2 en fase beta para las GPUs de Nvidia, lo cuál, junto a la solución de un problema en la versión del driver 8.5 de las tarjetas AMD/ATI que incapacitaba a las Radeon de las serie 2XXX, 3XXX y a la novísima 4850 para participar, ha provocado un notable incremento en el rendimiento del cliente GPU.

La siguiente tabla muestra el rendimiento actual de los diferentes clientes según la arquitectura y el sistema operativo:

OS Type	Current TFLOPS*	Active CPUs	Total CPUs
Windows	196	205923	2060596
Mac OS X/PowerPC	7	8487	116630
Mac OS X/Intel	26	8324	51948
Linux	72	42257	311396
GPU	604	5491	12671
PLAYSTATION®3	1434	50845	543382
Total	2339	321327	3096623

El rendimiento total es de 2339 TeraFLOPS, no olvidemos que son 2'3 millones de GigaFLOPS. Para poner en perspectiva esta medida de la potencia de cálculo en coma flotante, podemos echar un vistazo a la recientemente publicada lista de los 500 ordenadores más potentes del mundo, la lista completa la tenéis disponible en www.top500.org.

En la siguiente tabla tenemos las columnas:

• cores: número total de núcleos del sistema;
• Rmax: rendimiento máximo obtenido con LINPACK, en TeraFLOPS;
• Rpeak: rendimiento teórico máximo, en TeraFLOPS.
  

Rank	Computer/Year Vendor	Cores	Rmax	Rpeak
1	Roadrunner - BladeCenter QS22/LS21 Cluster, PowerXCell 8i 3.2 Ghz / Opteron DC 1.8 GHz , Voltaire Infiniband / 2008 IBM	122400	1026.00	1375.78
2	BlueGene/L - eServer Blue Gene Solution / 2007 IBM	212992	478.20	596.38
3	Blue Gene/P Solution / 2007 IBM	163840	450.30	557.06
4	Ranger - SunBlade x6420, Opteron Quad 2Ghz, Infiniband / 2008 Sun Microsystems	62976	326.00	503.81
5	Jaguar - Cray XT4 QuadCore 2.1 GHz / 2008 Cray Inc.	30976	205.00	260.20
6	JUGENE - Blue Gene/P Solution / 2007 IBM	65536	180.00	222.82
7	Encanto - SGI Altix ICE 8200, Xeon quad core 3.0 GHz / 2007 SGI	14336	133.20	172.03
8	EKA - Cluster Platform 3000 BL460c, Xeon 53xx 3GHz, Infiniband / 2008 Hewlett-Packard	14384	132.80	172.61
9	Blue Gene/P Solution / 2008 IBM	40960	112.50	139.26
10	SGI Altix ICE 8200EX, Xeon quad core 3.0 GHz / 2008 SGI	10240	106.10	122.88

El rendimiento máximo lo obtiene RoadRunner con 1026 TeraFLOPS y 122400 cores, ya que es un sistema heterogéneo que combina procesadores CELL y Opteron Dual Core entre otros. Su eficiencia es mucho mayor en cuanto a que combina muchos menos procesadores que el global del máquinas de Folding@Home y su rendimiento debe ser más consistente, pero también su rendimiento global es la mitad.

¿Qué quiero decir? Pues que el potencial de cálculo de sistemas distribuídos como el de Folding@Home es muy elevado, más cuando se está empezando a utilizar la ingente potencia de cálculo de las GPUs y CPUs actuales.

Las GPUs evolucionan más rápido que los procesadores, ya que tienen un ciclo de vida más corto y cada 6-9 meses hay una hornada nueva que supera a la anterior de forma notable. Los procesadores por su parte evolucionan a un ritmo menor, si bien es cierto que son más flexibles y están destinados a realizar operaciones muy diferentes.

Lo importante en todo caso es que el software se adapte a las diferentes soluciones hardware disponibles lo antes posible, ya que de lo contrario estaremos desperdiciando el gran potencial que se empieza a esconder en nuestros sistemas domésticos que, pese al avance constante, siguen siendo muy limitados y estando muy lejos de poder realizar cálculos complejos en tiempo real.

Alberto Sánchez González (imrbadguy)

Bad guys 1 de Junio 2008

Un mes más aquí están las cuentas del equipo a día 1. Éste ha sido el primer mes en el que hemos roto nuestra tendencia creciente y hemos ido a la baja tanto en puntos conseguidos como en WU enviadas.

Era de esperar ya que el ritmo de los últimos meses y en especial de Abril fue demasiado bueno como para ser lo habitual. Pero rendirse y tirar la toalla no es una opción en el avance científico y ante la adversidad sólo podemos seguir aportando nuestro granito de arena con constancia y firmeza.

Pese a que no ha habido muchas variaciones en la clasificación dentro del equipo, cosa poco probable dado el bajo número de usuarios, sí ha habido cambios en la aportación de cada uno. Veamos las estadísticas y los cambios de cada uno de los Bad Guys.

Las columnas son las siguientes:

1. clasificación en el equipo;
2. nombre del usuario;
3. puntos conseguidos;
4. Working Units enviadas;
5. diferencia puntos mes anterior;
   
6. porcentaje de puntos sobre el total del equipo;
7. porcentaje de WUs sobre el total del equipo.
   

Total puntos equipo: 1.315.315 (+190.591)
Total WUs equipo: 4479 (+588)

1	Joan_Garcia_Camba	355538	1385	41646	27,03%	30,92%
2	imrbadguy	312101	352	65921	23,73%	7,86%
3	Vito	123322	465	14004	9,37%	10,38%
4	Punyales_X	112467	414	21448	8,55%	9,24%
5	Lito	88120	559	4358	6,70%	12,48%
6	imrbadguy-mobile	71538	247	9412	5,44%	5,51%
7	Flor_PSV	58739	259	10890	4,47%	5,78%
8	imrbadguy-workstation	58317	218	1732	4,43%	4,87%
9	Kaiser	45588	173	9292	3,47%	3,86%
10	Punyales_W	30295	132	958	2,30%	2,95%
11	newdaga_server	27362	140	2389	2,08%	3,13%
12	VeRRoNicAA	12719	47	1785	0,97%	1,05%
13	migue	10842	50	6756	0,82%	1,12%
14	newdaga_vx	8029	31	0	0,61%	0,69%

Verde: posición ganada.
Rojo: posición perdida.

Si durante el mes de abril sumamos más de 240.000 puntos en mayo no pudimos pasar de los 190.000, lo que representa cerca de un 26% menos, mientras que el número de WU ha pasado de 652 a 588, sobre un 11% menos. Esto se debe en parte a que las WU que nos han asignado han supuesto menos puntos ya que al parecer algunos de los nuevos proyectos disponibles para ejecutar en Folding@Home son menos lucrativos en cuanto a puntos.

Joan_Garcia_Camba alterna una de cal y una de arena, ya que este mes ha vuelto a bajar su rendimiento notablemente. Pese a ello sigue al frente de la clasificación pero, ¿por cuánto tiempo?

imrbadguy sigue aferrado a la segunda posición aunque en este caso no es algo tan dramático como lo fue para Ayrton Senna, que mantenía que "el segundo es el primero de los perdedores".

Vito también ha reducido su aportación y es que su producción en las semanas anteriores había sido muy alta y es difícil mantener un ritmo tan elevado.

Punyales_X parece haber despertado de un largo letargo y está exprimiendo el potencial de sus 4 núcleos, ¿alguien debe preocuparse?

Lito, un histórico del equipo, parecía desaparecido en combate pero ha vuelto entre nosotros.

imrbadguy-mobile sigue constante: si bien no destaca por una gran contribución tampoco afloja su ritmo.

Flor_PSV se muestra un poco irregular y, pese a haber avanzado una posición, ha bajado su producción debido en parte, como en el caso de Vito, a las fluctuaciones en las puntuaciones de los diferentes proyectos.

imrbadguy-workstation ha notado su menor tiempo de dedicación, bajando una posición, pero sigue aportando su granito de arena.

Kaiser se mantiene firme y se acerca sigilosamente a imrbadguy-workstation al que puede superar en breve.

Punyales_W pese a una aportación discreta es constante en su empeño.

newdaga_server se acerca a Punyales_W, sin prisa pero sin pausa, pareciendo inevitable su adelantamiento.

VeRRoNicAA se muestra bastante activa este mes y teniendo en cuenta su anticuado hardware demuestra una sólida entrega al equipo.

migue es toda una sorpresa ya que pese a puntuar sólo los fines de semana ha dado un salto de gigante durante el mes de mayo.


Hasta aquí la clasificación del mes de Mayo, donde hemos sufrido un pequeño revés pro primera vez. Veremos como reaccionamos en Junio.

CPU a fondo!

Alberto Sánchez González (imrbadguy)

Clasificación por equipos < 900

La adversidad nos muestra tal como somos y, por un cúmulo de factores entre el que se encuentra la baja puntuación de los actuales proyectos, el mes de Mayo está siendo adverso para los Bad guys. Pero ante esta adversidad hemos conseguido romper una nueva barrera y rebasar el puesto 900 de la clasificación por equipos de Folding@Home.

Si os detenéis un momento a pensar lo que significa el puesto 900 da casi vértigo: por delante tenemos a menos de 900 equipos, mientras que por detrás hay más de 120.000 distribuidos a lo largo y ancho del planeta.

El preciso instante en que rompimos un nuevo límite y nos acercamos más a un prometedor futuro sin limitaciones científicas.

Bad guys

Date of last work unit	2008-05-23 10:38:01
Active CPUs within 50 days	37
Team Id	54457
Grand Score	1267533 (certificate)
Work Unit Count	4303 (certificate)
Team Ranking (incl. aggregate)	899 of 122444

Si bien competimos por alcanzar una posición, por diferenciarnos sobre el resto, nuestro objetivo es común y no es otro que el avance de la ciencia. Esto demuestra que pese a todas nuestras diferencias, la humanidad es capaz de ponerse de acuerdo y trabajar unidos sin fronteras, sin diferencias sociales, raciales ni de religión.

Tal vez algún día seamos capaces de comprender que al fin y al cabo todos somos iguales: no somos más que un basto conjunto de moléculas en los cuáles las diferencias son insignificantes porcentualmente aunque con consecuencias casi impredecibles.

Gracias a todos los Bag guys por su esfuerzo y dedicación y a todos los miembros de Folding@Home que hacen de este proyecto una realidad.

Keep pushing!!

Alberto Sánchez González (imrbadguy)

¿Quieres unirte a l@s Bad guys?

Si quieres unirte al proyecto Folding@Home de la universidad de Stanford y poner tu granito de arena en el avance de la ciencia y de la investigación científica has llegado a la página web adecuada. El equipo Bad guys está abierto a todos aquellos que quieran colaborar.


¿Cómo funciona Folding@Home?

Buena pregunta para empezar. En el departamento de Química y Estructura Biológica de la universidad de Stanford estudian como se pliegan las cadenas de aminoácidos que forman las células de nuestro cuerpo. Este proceso de plegado y desplegado resulta clave en la aparición de algunas enfermedades como algunos tipos de cáncer, Parkinson, Osteogénesis Imperfecta y otras ya que a veces se producen anomalías en dichos procesos.

Para estudiar esto utilizan simulaciones informáticas que les permitan entender mejor cómo funcionan las células. El problema radica en que estos procesos son extremadamente complejos y los ordenadores actuales tardarían varios años en completar siquiera pequeñas simulaciones.

Para solventar este problema de potencia de cálculo han desarrollado un software que permite dividir estas grandes simulaciones en "trozos" muy pequeños, de manera que cada uno de estos "trozos" de simulación puede calcularse de manera independiente en ordenadores diferentes. Así Folding@Home se calcula simultáneamente en más de 250.000 máquinas entre ordenadores personales, consolas PS3 y GPUs AMD/ATI a la vez distribuidas por todo el planeta.


¿Cómo puedo contribuir al proyecto Folding@Home?

Para formar parte del proyecto sólo tienes que descargarte alguno de los clientes disponibles en función del hardware del que dispongas, utilizando la siguiente página:
http://folding.stanford.edu/English/Download.

Si quieres contribuir de forma anónima no hace falta introducir ningún nombre de usuario, pero si quieres tener tu propio usuario y poder así consultar sus estadísticas tendrás que elegir uno que no haya sido utilizado antes. Para esto puedes comprobar si existe ya el nombre de usuario elegido en la misma página de descarga de los clientes.

Una vez instalado y configurado, siguiendo las instrucciones, ya estará listo para empezar de manera que cuando se ejecute el cliente éste descargará unidades de trabajo, Working Units, y cuando las acabe enviará los resultados a la universidad de Stanford. Así podrás compartir tu potencia de cálculo.

Si además quieres ser un Bad guy sólo tienes que introducir el identificador del equipo, 54457, en la configuración del cliente.


¿Cómo puedo consultar mis estadísticas?

Consultar las estadísticas es muy sencillo, se pueden consultar las oficiales introduciendo el nombre de usuario en la página:
http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userstats.


¿Necesitas ayuda?

Si tienes algún problema o duda puedes consultar las FAQs del proyecto en la URL:
http://folding.stanford.edu/English/FAQ.

También puedes poner un comentario en este blog y algún miembro del equipo tratará de ayudarte lo antes posible.


La libertad nos permite elegir asumiendo nuestra responsabilidad.

Alberto Sánchez González (imrbadguy)

Bad guys 1 de Mayo 2008

Llegó la hora de rendir cuentas! Abril ha sido un mes muy pero que muy productivo, en el que hemos seguido creciendo hasta situarnos por primera vez por encima de los 200.000 puntos por mes, lo cuál nos ha permitido estar instalados cómodamente entre los 1000 primeros equipos de Folding@Home. Todo un logro para un equipo tan pequeño y modesto como el nuestro.

No ha habido muchos cambios en posiciones pero sí ha habido más variaciones de lo que parece a simple vista. Un mes interesante sin ser llamativo.

Se ha notado, en gran medida, la incorporación de una segunda máquina Linux 64bits SMP a la plantilla regular del equipo. Veamos qué ha hecho cada uno durante el mes de abril.

Las columnas son las siguientes:

1. clasificación en el equipo;
2. nombre del usuario;
3. puntos conseguidos;
4. Working Units enviadas;
5. diferencia puntos mes anterior;
   
6. porcentaje de puntos sobre el total del equipo;
7. porcentaje de WUs sobre el total del equipo.
   

Total puntos equipo: 1.124.724 (+240.307)
Total WUs equipo: 3891 (+652)

1	Joan_Garcia_Camba	313892	1.187	75018	27,91%	30,51%
2	imrbadguy	246180	310	63870	21,89%	7,97%
3	Vito	109318	380	34248	9,72%	9,77%
4	Punyales_X	91019	356	18307	8,09%	9,15%
5	Lito	83762	550	3371	7,45%	14,14%
6	imrbadguy-mobile	62126	210	7327	5,52%	5,40%
7	imrbadguy-workstation	56585	208	5314	5,03%	5,35%
8	Flor_PSV	47849	189	16683	4,25%	4,86%
9	Kaiser	36296	147	7408	3,23%	3,78%
10	Punyales_W	29337	127	1704	2,61%	3,26%
11	newdaga_server	24973	120	2517	2,22%	3,08%
12	VeRRoNicAA	10934	39	954	0,97%	1,00%
13	newdaga_vx	8029	31	0	0,71%	0,80%
14	migue	4086	30	3586	0,36%	0,77%

Verde: posición ganada.
Rojo: posición perdida.

Joan_Garcia_Camba ha vuelto a retomar la cabeza del equipo, los meses anteriores parecía que perdía fuelle pero la incorporación por su parte de un cliente Linux SMP lo ha devuelto a la cabeza: el líder ha vuelto... ¿para quedarse?.

imrbadguy no ha podido mantener el envite de Joan_Garcia_Camba, pero su contribucción sigue siendo muy notable gracias al cliente Linux SMP y al Wolfdale de 45 nm (Core 2 Duo 8400) que lo ejecuta.

Vito sigue firme y ha adelantado a Lito, instalándose cómodamente en la tercera posición después de superar a Punyales_X el mes anterior. Su producción ha mejorado algo.

Punyales_X también ha rebasado a Lito pero no muestra signos de poder recuperar la posición que perdió frente a Vito el mes pasado. ¿Los 65 nm están ya obsoletos frente a los 45?

Lito ha caído dos plazas hasta la quinta posición y es que el tiempo no pasa en balde por su hardware, pero pese a todo sigue siendo constante en su aportación.

imrbadguy-mobile sigue en su línea, distanciándose un poco de imrbadguy-workstation y acercándose a Lito sin prisa pero sin pausa.

imrbadguy-workstation ha visto reducida su dedicación al proyecto y eso afectará su producción sin duda, por lo que parece condenada a caer. Nadie dijo que fuera a ser fácil.

Flor_PSV ha visto consolidada su contribución y su posición, lo cuál le permitirá escalar posiciones en breve.

Kaiser se mantiene noveno fácilmente: sin oposición por detrás pero tampoco con objetivos a la vista.

Punyales_W ha visto mejorada su contribución aunque esto no le ha permitido acercarse a Kaiser lo más mínimo.

newdaga_server ha reducido un tanto su ritmo pero con todo y eso se ha acercado lo suficiente a Punyales_W como para tenerlo a tiro, ¿estará en color verde el mes que viene?

VeRRoNicAA ha mejorado sus marcas y es que migue se acerca.

newdaga_vx sigue desaparecido en combate... descanse en paz.

migue es el que más ha crecido en su aportación este mes, y es que el más misterioso de los Bad guys contribuye sólo los fines de semana pero cuando lo hace se nota.

Las dificultades aparecerán y no siempre será tan "fácil" avanzar. Como siempre, sólo la constancia y firmeza del trabajo en equipo nos llevarán a seguir contribuyendo al avance de la ciencia de forma tan notable.


Alberto Sánchez González (imrbadguy )

Clasificación por equipos < 1000

Caminante no hay camino se hace camino al andar... Así es, no hay meta sino que la propia meta es contribuir con todo lo posible al avance de la ciencia, pues éste es un fin en sí mismo.

Isaac Newton dijo una vez "el conocimiento humano es una gota de agua y lo que queda por conocer es el océano". Pero allí donde haya oscuridad habrá luz si estamos dispuestos a unir nuestras fuerzas y energías en pro del conocimiento científico y del avance de la humanidad.

Hoy hemos vuelto a superarnos, llegando más allá de lo concebido: nuestro pequeño equipo ha alcanzado los 1000 primeros puestos en Folding@Home. No es poco teniendo en cuenta que hay más de 117.000 equipos y el reducido número de miembros de nuestra formación.

Tal vez podamos aplicarnos aquello de que más vale calidad que cantidad. Sea como fuere hoy es un gran día y éste un buen momento para agradecer a tod@s l@s Bad guys su desinteresada y altruista aportación.

Bad guys

Date of last work unit	2008-04-21 14:58:41
Active CPUs within 50 days	40
Team Id	54457
Grand Score	1040221 (certificate)
Work Unit Count	3654 (certificate)
Team Ranking (incl. aggregate)	998 of 117865

El mágico momento ha sido protagonizado una vez más por Joan_Garcia_Camba, aunque como siempre éste es un deporte de equipo y el mérito es sin duda alguna de todos.

Joan_Garcia_Camba

Date of last work unit	2008-04-21 14:58:41
Total score	286466
Overall rank (if points are combined)	9636 of 971527

No os pongáis límites, pues éstos sólo existen en las mentes de los que no ven más allá de sus propias limitaciones.


Por un mundo sin limitaciones!


Alberto Sánchez González (imrbadguy)

1.000.000!

Hace apenas un año empezamos a contribuir con el proyecto Folding@Home, la fecha en que nació el equipo fue a finales de marzo sobre el día 27 aunque desconozco exactamente cuando. Hoy hemos dado otro gran paso para nuestro equipo, aunque pequeño para la ciencia, pues hemos superado el MILLÓN de puntos.

El mágico momento ha quedado capturado e inmortalizado, al menos mientras viva este blog y nuestra ilusión.

Bad guys

Date of last work unit	2008-04-16 10:45:12
Active CPUs within 50 days	40
Team Id	54457
Grand Score	1000113 (certificate)
Work Unit Count	3546 (certificate)
Team Ranking (incl. aggregate)	1018 of 116847

En los últimos meses hemos incrementado muy notablemente nuestro rendimiento. Podemos verlo en el siguiente gráfico, en el que se puede apreciar que para llegar a los 500.000 puntos tardamos unos 9 meses, mientras que para los siguientes 500.000 a penas hemos necesitado 3.

Pronto llegará otro hito: estar entre los 1000 primeros equipos de Folding@Home. Puede que parezca poco lo que hemos logrado hasta ahora, pero es más de lo que se podría imaginar hace sólo algunos años.

Hasta dónde podremos llegar es algo que sólo el tiempo dirá.

Alberto Sánchez González (imrbadguy)